Açıkçası ben jslerde sıkıntı çıkacağını sanmıyorum. Mybb 1.6 ve öncesi prototype kullandığı için jQuery.noConflict(); metodunu kullanıyorduk. Bu kod da sıkıntı çıkarmayacaktır. Aslında bu kod şöyle düşünülebilir; bu kodun yazıldığı satıra kadar olan jquery çaışma alanını kapatıp sıfırdan bir çalışma alanı açıyor. Yani js kısmında kesinlikle sorun olacağını düşünmüyorum. Sadece temel css class ve id lerinde değişiklik olduysa o kısımlar tekrardan düzenlenir ve sorun kalmaz

